En matière de protection, la Commission est interrogée par la Direction du Patrimoine Culturel sur l’opportunité de classer ou d’inscrire un bien sur la liste de sauvegarde, qu’il s’agisse d’une construction ou d’un site naturel. A la fin de la procédure, la CRMS est interrogée après les remarques ou objections éventuelles des propriétaires et des Communes. La Commission peut aussi, de sa propre initiative, proposer un bien au classement ou à l’inscription sur la liste de sauvegarde. La décision finale de protéger ou non un bien est une prérogative du Gouvernement

Dans le cas d’un bien classé ou inscrit sur la liste de sauvegarde (en cours de procédure d'enquête ou protégé définitivement), tous les travaux à exécuter sont soumis à permis d'urbanisme unique. En Région bruxelloise, le permis unique est un permis qui traite à la fois des aspects urbanistiques et patrimoniaux. La demande est introduite auprès de l’administration (Urban.brussels) et comporte un volet urbanistique et un volet patrimonial. Le Fonctionnaire délégué délivre, au nom du Gouvernement, le permis d'urbanisme.

Pour les dossiers qui le requièrent*, la CRMS est interrogée officiellement. L’avis rendu est, pour ce qui concerne les parties protégées, conforme (c’est-à-dire contraignant) pour le Fonctionnaire délégué qui délivre le permis unique. En cas de litige, un recours peut être introduit contre le permis unique auprès du Gouvernement.