En matière de protection, la Commission est interrogée par la Direction du Patrimoine Culturel sur l’opportunité de classer ou d’inscrire un bien sur la liste de sauvegarde, qu’il s’agisse d’une construction ou d’un site naturel. A la fin de la procédure, la CRMS est interrogée après les remarques ou objections éventuelles des propriétaires et des Communes. La Commission peut aussi, de sa propre initiative, proposer un bien au classement ou à l’inscription sur la liste de sauvegarde. La décision finale de protéger ou non un bien est une prérogative du Gouvernement